Raúl Tamudo, Iván de la Peña y el malogrado capitán Dani Jarque, tres de los referentes de la historia reciente del club. Esta década es, sin duda, la época con más títulos oficiales de la historia del R. C. D. Espanyol en la que además se contó con jugadores del nivel de Raúl Tamudo, Iván de la Peña, Luis García, (estos tres formaron el trío conocido como «los 3 tiburones») y también Albert Riera, Mauricio Pochettino, Walter Pandiani y Carlos Kameni entre otros. Las últimas décadas de la historia del club se han caracterizado por la irregularidad en la clasificación final de cada liga, con grandes campañas con entrenadores como Javier Clemente, (con quien se llega a la final de la Copa de la UEFA en 1988), y dos descensos a Segunda División en la década de los 90 en un contexto de grave crisis económica, especialmente durante los mandatos de Julio Pardo Padrós y Francisco Perelló, siendo grandes jugadores de la época Tintín Márquez, Ernesto Valverde, Pichi Alonso, John Lauridsen y Thomas N’Kono entre otros. Durante el curso siguiente el equipo participó de nuevo en la Copa de Ferias y fue eliminado otra vez en cuartos de final. El cuarto encuentro llegaría el 12 de julio en el mismo escenario neoyorquino, contra el Estrella Roja de Belgrado, quien cortó de raíz la buena marcha de los entonces discípulos de Ricardo Zamora al derrotarlos por un contundente 7-2. El 16 de julio, de nuevo en el Polo Grounds, la derrota por 5-1 frente al Dukla Praga alejó al conjunto españolista de toda opción de clasificación para la final.

Ya sin posibilidades llegaría la derrota por 3-0 frente al Rapid de Viena antes de poner fin a la participación con el séptimo y último partido frente a los israelitas del Petah Tikvah el 27 de julio, con triunfo españolista por 4-1, ambos disputados de nuevo en el Polo Grounds de Nueva York. En dicha final, Uruguay fue muy superior y venció a los paraguayos 3-0 para así culminar una excelente actuación en la Copa América, a pesar de no haber logrado triunfo alguno en sus 6 presentaciones. El 2 de agosto de 2009 se estrenó el nuevo estadio con un partido amistoso contra el Liverpool FC con resultado de 3-0 favorable a los periquitos. Antes de cruzar el charco de vuelta a casa, el equipo viajaría hasta Chicago para disputar un partido amistoso en el estadio Soldier Field, con derrota por 5-4 ante el Rapid de Viena. Para el tercer partido y ya en Nueva York, el R. C. D. Español se enfrentó al Shamrock Rovers Football Club de Irlanda al que venció por 4-1 en el estadio de béisbol Polo Grounds.

En junio de 1971, y con José Emilio Santamaría como entrenador, el R. C. D. Español vuelve a ser pionero y realiza una gira por la Unión Soviética. El 21 de junio de 1997, camisetas de fútbol se jugó el último partido en el estadio de Sarriá correspondiente a la jornada 38 de Liga. El primer partido se disputó el 4 de julio en Montreal ante el Concordia canadiense en el Molson Stadium con resultado final de empate a un gol. El segundo partido fue ante el AS Mónaco con victoria españolista por tres goles a uno también en Montreal. El gol más recordado de Tamudo es el marcado en la temporada 2006-07 al Fútbol Club Barcelona en el último minuto de partido en el Camp Nou, que le costó el título de Liga a los barcelonistas en favor del Real Madrid Club de Fútbol. Con Paco Flores como entrenador, el club consigue su tercera Copa del Rey en la temporada 1999-2000, el mismo año de su centenario, en una final disputada contra el Atlético de Madrid (2-1) en el Estadio de Mestalla. Muy recordada entre todos los seguidores «pericos» fue la participación en la Copa de la UEFA de la temporada 1987-88. En esta edición se eliminaron a los siguientes equipos: Borussia Mönchengladbach, AC Milan, Inter de Milán, TJ Vítkovice y Club Brujas antes de no poder superar en la final y, en los penaltis, al Bayer 04 Leverkusen.

En categorías juveniles, fue subcampeona del Sudamericano Sub-20 en 2010 y 2022 y fue la primera selección campeona del Sudamericano Sub-17 en 2008; a nivel mundial, ha participado en tres Mundiales Sub-20, siendo en 2010 donde llegó a semifinales, culminando en cuarta posición; también ha participado de 7 Mundiales Sub-17, en donde haría historia en 2022 alcanzando el subcampeonato de este torneo, siendo la primera vez que una selección colombiana (masculina o femenina) de cualquier categoría alcanza dicha instancia en una Copa Mundial, y al mismo tiempo es la primera vez que una selección colombiana disputa la final de un torneo organizado por la FIFA. Trofeo Maestrelli, donde tras ganarle 2-1 al Brescia, 4-1 al Chievo, 1-0 al Inter, 10-1 al Reggina, empatar 1-1 ante la Juventus y finalmente ganar 1-0 al Parma (con asistencia de Messi), salieron campeones del torneo, con Messi como MVP. Su debut oficial con la camiseta del club estadounidense se produjo el 5 de marzo en la derrota 2-1 ante Los Angeles Galaxy. El 28 de julio de 2011 debutó con la camiseta rojiblanca en el partido de ida de la tercera ronda de clasificación de la Europa League. Ese mismo año disputa la final intercontinental; su rival el Olimpia de Paraguay, en un partido cerrado los guaraníes se impusieron con un global de 3 a 1 en partidos de ida y vuelta, la última disputada con este formato.