A partir de 2005, el club fue exigido a presentar una tercera camiseta para enfrentar a equipos albinegros tales como el propio Wanderers o Miramar Misiones. Durante un partido se encuentran dos equipos con 11 jugadores cada uno en el campo, que se dividen en ofensiva, defensiva y en equipos especiales, estos deben obedecer lo que digan el quarterback y los entrenadores, cada equipo tiene 45 jugadores intercambiables y un partido tiene una duración de 60 minutos, el cual se divide en 4 cuartos de 15 minutos cada uno. Al año siguiente, se produjo hasta el momento la mejor participación danubiana en la Copa Libertadores de América, donde el equipo avanzó hasta semifinales, derrotando a los dos «grandes» de Uruguay. Danubio, desde aquel año utiliza la clásica camiseta blanca con franja negra transversal que nace del hombro izquierdo, salvo algunos años en que la banda fue cambiada de hombro (no se sabe la razón).

La camiseta también tiene bordada un símbolo basado en el león rampante del Estandarte Real de Escocia. Finalizado este torneo, Danubio volvió a usar la camiseta anterior, la cual utilizó hasta antes de comenzar la rueda final del campeonato uruguayo de la divisional Extra de 1942, cuando se adoptó definitivamente el diseño de la actual. Este título le da derecho a jugar el Campeonato de España de aficionados. El 24 de noviembre de 2021, tras ganarle un partido decisivo a Defensor Sporting en la última fecha, Danubio consigue el ascenso directo a la Primera División Profesional al terminar en el segundo puesto, este partido dictamina un quiebre entre ambos equipos, ya que era un partido de total trascendencia para los clubes que en los últimos años se le otorga partido «clasico». En su retorno a la primera división en la temporada 2022 finalizaría en el octavo puesto, clasificándose a la Copa Sudamericana. Lo anterior con el objetivo de otorgar al campeón y subcampeón dos cupos para la Futura Copa Mundial de Clubes de la FIFA con 32 clubes.

El regreso a las competiciones oficiales se da en 1977, donde la selección participaría en las eliminatorias para el Mundial de Argentina 1978. Consiguiendo solo un punto como resultado al empate conseguido contra Uruguay. Durante la Segunda Guerra Mundial su estadio fue bombardeado y durante un tiempo estuvieron jugando en Maine Road. En fase de grupos a Peñarol por 4 a 1 en el Estadio Centenario, y luego en segunda fase dejando eliminado al en ese momento último campeón, el Club Nacional de Football, empatando el primer partido a cero para luego vencerlo también en el Centenario por 3 a 1. Luego derrotaría al Club de Deportes Cobreloa por 2 a 0 en Chile, y luego 2 a 1 en el Centenario. Más adelante compartiría la fase de grupos con Guaraní de Paraguay, Emelec de Ecuador y Huracán de Argentina, finalizado 3.º de su grupo eliminado la competencia, donde vencería 2-0 al conjunto ecuatoriano y 1-0 al argentino. 2003-04 F. C. Porto (2) 3-0 A. S. Monaco F. C. Supresión de la segunda fase de grupos por los octavos de final.

En el torneo Clausura todo sería distinto, aunque Danubio ya tenía una plaza en la final del uruguayo, no sería el mismo. Nota: la tabla no refleja que el club ingresante haya adquirido la plaza directamente al club vendedor, puede darse el caso de que el club ingresante le compre a la liga la plaza y que el club vendedor haya abandonado su plaza. Luego necesitaban una victoria para obtener el pase al mundial, pero ocurrió lo contrario: empataron 1-1. Así fue que, Polonia se quedó con la plaza en el mundial, e Inglaterra no se clasificó siendo esta su primera ausencia en mundiales. Si bien un contratiempo al comienzo de la temporada (Martin Ødegaard, el capitán del Arsenal, sufrió una lesión) puede causar algunos problemas al club, jugadores como el recién adquirido Gabriel Fernando de Jesus y el goleador Gabriel Martinelli sin duda llevarán al equipo a la victoria. Al concluir el mismo sin variarse el marcador, se debió definir por penales, logrando Danubio la victoria por 4 a 3. Por el Torneo Clausura, Danubio jugó 15 partidos, de los cuales obtuvo la victoria en 10, empató 2 y cayó en 3. Anotó 26 tantos y recibió 10. Totalizando 32 puntos.

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