Dos equipos debutaron este año en la Copa del Rey: el Club Deportivo Europa y el camiseta futbol 2024 Valencia Fútbol Club. Omar Pérez, no se había podido recuperar completamente de una lesión de la rodilla; y el equipo había perdido la final de la Copa Colombia frente a Junior de Barranquilla. Bajo la responsabilidad de Gustavo Costas, en el segundo semestre, el equipo capitalino le quedaba por jugar la Copa Colombia y la liga. Competición en la que paralelamente queda eliminado luego de caer en su edición 2010, en la ronda de los octavos de final frente al Atlético Mineiro de Brasil por marcador global 1-2. En las rondas previas Santa Fe había superado en la copa a los equipos venezolanos del ACD Lara (4-2) y Caracas FC (2-1) respectivamente. Al finalizar los 120 minutos sin goles, Santa Fe volvió a disputar una final desde los 12 pasos. Torneo Apertura 2002) como segundo en la tabla general del Torneo Apertura, cuando Santa Fe disputó el cupo a la final frente a Envigado F.C., Atlético Huila y Once Caldas en el cuadrangular B. Después de vencer como local al Huila y como visitante al Caldas, Santa Fe se jugó la clasificación a la final en Bogotá enfrentando a Envigado, en un choque que perdió 2:0. En su visita al equipo antioqueño logró reponerse y con gol de Luis Yanes lo venció 1-0 en los últimos minutos del partido.

Con la llegada del vallecaucano el rojo capitalino dominó durante casi todo el torneo, obteniendo un invicto de 6 fechas al comienzo del campeonato, clasificándose de esta manera a los cuadrangulares semifinales como tercero en la tabla de posiciones con 35 puntos, uno menos que los líderes y posteriores finalistas Once Caldas y Deportes Tolima. Porque en el año 2003 hubo un pibe que sabía que llegaría por rebeldía y coraje y sabía que estaría entre los mejores, sabía que podía hacer temblar a cualquiera, tentar al que sea y derribar la limitación que apareciera, como el junco siempre estaría en pie, “el Juani” sabía que por vital, que por querer, que por pasión: debía estar, tenía que estar, era el elegido. El tercer encuentro internacional debía disputarse ante Macedonia en las Navidades de 2003. Sin embargo, pocos días antes, la Federación Cántabra de Fútbol anunció la suspensión del partido amparada en el bajo ritmo de venta de entradas. “rojo bogotano” se enfrenta al Deportivo Pasto en la tercera ronda, cayendo al final de esta fase con un marcador de 4-3 en el global, sin embargo, gracias al sistema de clasificación de ese entonces logra avanzar a semifinales como el perdedor afortunado.

Con la serie 3-1, Huracán debía hacer un gol para mantenerse con vida, y el encargado fue Patricio Toranzo; sin embargo, el mediocampista estrelló su balón en el horizontal, y sentenció la serie a favor de Santa Fe que, para la alegría de sus hinchas, camiseta de fútbol se coronó campeón de la Copa Sudamericana 2015. Fue su segundo trofeo internacional oficial y lo convirtió en el primer equipo colombiano en ganar este título. Este salonista salteño ejemplar fue desde temprana edad convocado a la selección uruguaya de Fútbol Sala, se calzó la celeste del alma y allá fue, vistió la 9, vinieron todo tipo de desafíos, jugó 57 partidos entre Copa del Mundo 2008, Copa América (2), Juegos Odesur (2), un par de Grand Prix, Liga Sudamericana (3), otros torneos internacionales y amistosos. A partir de esa fecha, vendría a Santa Fe un “flagelo deportivo” considerado por muchos aficionados como la “empatitis”; la cual se define con una serie de partidos consecutivos sin perder pero así mismo sin conseguir victorias.

A pesar de los inconvenientes, el equipo viajó a Buenos Aires para disputar la ida de la final en el Estadio Tomas A. Ducó el 2 de diciembre de 2015. En un partido muy cerrado, Santa Fe consiguió un valioso empate 0-0 ante Huracán. El 21 de diciembre, se jugó el partido de vuelta. Spencer falleció, mientras sus compañeros jugaban un partido de vuelta de la Copa de España. Estadio Olímpico Atahualpa el partido quedó 1:1 mientras que el partido de vuelta en el Estadio Olímpico de la UCV quedó 1:0 clasificando así a la Segunda fase por primera vez en su historia. En el partido por el tercer puesto venció por 1:0 a Irak. Santa Fe queda eliminado, en el puesto 14, principalmente debido a la participación en la Copa Libertadores. Por este hecho ambos clubes renunciaron al cupo que la UEFA otorgaba al campeón de Copa en la UEFA Europa League, aunque la Real Sociedad si pudo obtener ese cupo por su clasificación liguera.