El 9 de junio de 2007, Raúl Tamudo se convirtió en el máximo goleador de la historia superando así los 111 goles de Rafael Marañón, y consiguiendo el total de 113. El gol más recordado de Tamudo es el marcado en la temporada 2006-07 al Fútbol Club Barcelona en el último minuto de partido en el Camp Nou, que le costó el título de Liga a los barcelonistas en favor del Real Madrid Club de Fútbol. Esto le hace tener la totalidad de acciones de Gusó y casi la totalidad de las de Rofes que se queda con un poco más del 6%, y las demás son repartidas entre los pequeños accionistas. Deportivamente, durante esta etapa, el equipo se instala en la zona media de la clasificación con la excepción de las temporadas 2002-03 y 2005-06 en las que se roza el descenso y la 2004-05, en la que se acaba a un punto de acceder a la Liga de Campeones de la UEFA, con Miguel Ángel Lotina en el banquillo.

Tras doce temporadas en el Estadio Olímpico de Montjuïc, el club se trasladó al Estadio de Cornellá-El Prat. El 2 de agosto de 2009 se estrenó el nuevo estadio con un partido amistoso contra el Liverpool FC con resultado de 3-0 favorable a los periquitos. El resultante de estos ascensos y descensos dará como resultado para la temporada 2023-24 un total de 36 equipos participantes encuadrados en dos grupos de 18 conjuntos, tal y como se venía compitiendo en la categoría de Preferente aragonesa hasta la aparición de la pandemia por COVID-19. Tras concluir la liga en esa posición el Espanyol publicó un comunicado pidiendo que se eliminaran los descensos en esa temporada. Habría que esperar hasta la temporada 2018-19 para que, doce años después de disputar la final de Glasgow, el R. C. D. Espanyol volviera a clasificarse para disputar competición europea, dirigido por Rubi (que abandonaría el equipo al acabar la temporada) y finalizando la Liga en séptimo lugar. En verano, tomó las riendas Sergio González que en su primera campaña en la máxima categoría logró clasificar al equipo para las semifinales de Copa del Rey y situar al equipo en una cómoda posición en la tabla. El segundo fue diseñado por Eduard Corrons al adoptarse los colores blanco y azul en referencia a los colores del blasón de Roger de Lauria y se utilizó de 1909 a 1912, con variaciones en las iniciales tras una modernización y estilización.

El 8 de mayo del 2021, tras disputar 38 jornadas en la categoría de plata, un empate a cero (0-0) en La Romareda contra el Real Zaragoza certificó su ascenso matemático a Primera División a falta de cuatro partidos por disputarse. El 31 de mayo de 2009 se ponía fin a 12 temporadas en el Estadio Olímpico de Montjuïc, tras la marcha del Estadio de Sarriá, con el partido que ganó el R. C. D. Espanyol por 3 goles a 0 ante el Málaga C.F. En temporadas sucesivas, el conjunto blanquiazul alcanza la salvación con comodidad, luchando incluso en algunos momentos por entrar en la Liga Europa de la UEFA. La temporada 2019-20 comenzó marcada por la ausencia de una pretemporada al uso, debido a las rondas previas de la UEFA Europa League. Muy recordada entre todos los seguidores «pericos» fue la participación en la Copa de la UEFA de la temporada 1987-88. En esta edición se eliminaron a los siguientes equipos: Borussia Mönchengladbach, AC Milan, Inter de Milán, TJ Vítkovice y Club Brujas antes de no poder superar en la final y, en los penaltis, al Bayer 04 Leverkusen.

En la temporada 2021-22, el club alcanzó la permanencia a falta de dos jornadas por disputarse. Javier Aguirre continuó una temporada más en el club volviendo a conseguir la permanencia en una temporada de transición. Como dato anecdótico cabe decir que esta fue la primera ocasión en la que el Athletic Club jugó con camiseta rojiblanca, ya que hasta entonces jugaba con una camiseta blanquiazul. La primera película española con argumento fue Riña en un café (1897), del prolífico fotógrafo y director barcelonés Fructuós Gelabert. Con esta inauguración, el club volvía a tener casa propia tras la demolición del mítico Estadio de Sarriá. El estadio cuenta con exactamente 4.039 asientos, y tiene una capacidad total de 16.997 personas. En honor al centenario de la entidad, el club recibe de la Generalidad de Cataluña el Premio Cruz de Sant Jordi, y el 14 de noviembre de 1999, se juega el partido que inauguraba los actos del centenario en el Estadio Olímpico de Montjuïc (renombrado en 2001 como Estadio Olímpico Lluís Companys), en el que el R. C. D. Espanyol derrotó a la Selección Argentina de Fútbol por 2 goles a 0. La remontada patrimonial de la entidad se inicia con la construcción de una Ciudad Deportiva propia en San Adrián de Besós, inaugurada en 2001, y la colocación de la primera piedra del nuevo estadio del club en 2003, situado entre los municipios de Cornellá de Llobregat y El Prat de Llobregat, y financiado por un crédito concedido por cinco entidades financieras por un total de 55 millones de euros.

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